А сколько страниц вообще Яндекс проиндексировал? Если только одну-главную, то подозрение есть на домен с историей, у меня был горький пример с одним сайтом целый год наполняла, в итоге в гугл более ста страниц было проиндексирована, а в Яндексе только главная.
