На сервере была произведена диагностика, которая проблем по «железной» части не выявила. Но, при проверке разделов жесткого диска, заметил сообщение "Partition 2 does not start on physical sector boundary"(см. вложение 1) которое означает, что диски используют расширенный формат. Такие жёсткие диски используют физический размер сектора в 4096 байт вместо традиционных 512. Но fdisk и операционная система работают с размером сектора в 512 байт и получается нестыковка между физическим и логическим размером сектора.
При этом при проверке скорости диска, также была замечена низкая скорость по сравнению с другими. (Прибл. /dev/sda1 = 198 MB/s ; /dev/sda2 = 20 Kb/s)
Вероятный исход, чтобы исправить положение, это форматирование /dev/sda2 .