Отлично проходят большие файлы (~100-1000 мб) по FTP. Скорость порядка 2-3 Мб/сек, обрывов нет. Но этот же объём мелкими файлами идёт крайне медленно (~100 кб/сек), раз в 3-4 минуты сбрасывается соединение. Этот же клиент работает с другим хостером на "ура". Сервер у Hetzner'a. Сервис FTP перезапускал, полностью сервер перезапускал, нагрузка на сервер не большая, сам сервак по заявленным характеристикам весьма не слабый. Что то не выставлено в настройках? Или проблема на маршруте? Как можно найти причину?
Сколько потоков при передаче? Посмотри трассировку к серваку, где найбольшые задержки. Если большые файлы заружаются хорошо - грузить архивами.